Työterveyslääkäri tai muu hoidosta vastaava lääkäri arvioi kuntoutustarvetta ja esittää lausunnollaan suosituksensa sekä ammatillisesta että lääkinnällisestä eli toimintakykyyn vaikuttavasta kuntoutuksesta, ja neuvoo, miten eri etuuksia haetaan.

Työterveyslääkäri tuntee sairauden sekä työpaikan olosuhteet ja työn vaatimukset ja arvioi tarvetta työeläkekuntoutuksen toimenpiteisiin. Usein on tarpeen yhteinen palaveri, jossa työntekijä, esimies, henkilöstöhallinnon edustaja sekä työterveyslääkäri ja –hoitaja arvioivat esimerkiksi työjärjestelyjen mahdollisuutta ja sopivat tarpeen mukaan työkokeilusta.
 
Työterveyshoitaja voi avustaa kuntoutushakemuksen täyttämisessä.

Kuntoutusta hakee työntekijä itse. Työeläkekuntoutusta haetaan K-lomakkeella tai KT-lomakkeella, mikäli hakija on jo kuntoutustuella tai hakenut työkyvyttömyyseläkettä.

Hakemuksen liitteeksi tarvitaan työterveyslääkärin tai muun hoitavan lääkärin antama B2-lääkärinlausunto terveydentilasta ja jäljellä olevasta työ- ja toimintakyvystä. 

Kuntoutuksen, joka aiheutuu työtapaturmasta tai ammattitaudista, kustantaa lakisääteinen tapaturvavakuutus tapaturmavakuutuslain mukaan. Liikennevahingosta aiheutuvasta kuntoutuksesta vastaa liikennevakuutus. Mikäli liikennevakuutuksesta tai tapaturmavakuutuksesta on annettu hylkäävä päätös, voi ammatillista kuntoutusta hakea tuettavaksi työeläkekuntoutuksena.

Toimintakykyyn vaikuttavasta kuntoutuksesta eli niin kutsutusta lääkinnällisestä kuntoutuksesta vastaa terveydenhuolto tai Kansaneläkelaitos. Sairauden hoidosta vastaa terveydenhuolto. Työeläkelaitoksen tukema kuntoutus on ammatillista kuntoutusta, joka tarkoittaa työkokeilua, työhön valmennusta, työhön tai ammattiin johtavaa koulutusta tai tukea elinkeinotoiminnan aloittamiseen tai jatkamiseen. Työeläkelaitos ei siis kustanna lääkinnällistä kuntoutusta tai hoitokuluja.

Merimieseläkekassa voi kustantaa kuntoutussuunnitelman laadinnan työvoimatoimistossa tai kuntoutuksen palveluntuottajalla. Sen sijaan Merimieseläkekassa ei kustanna tutkimuksia, joissa arvioidaan työ- ja toimintakykyä tai kuntoutustarvetta.

Kuntoutus on prosessi, jonka tavoitteena on työhön paluu. Mikäli suunniteltu kuntoutusohjelma ei johda tavoitteeseen, on hoitavan lääkärin tarkistettava hoito- ja kuntoutussuunnitelmaa. Esimerkiksi tarpeellisen hoidon toteuduttua voi kuntoutusohjelma käynnistyä uudelleen tai harkittavaksi tulevat muut ammatillisen kuntoutuksen keinot.

Kuntoutus on prosessi, jonka kesto vaihtelee. Kuntoutus voi lyhimmillään muodostua vain yhdestä ammatillisen kuntoutuksen ohjelmasta, esimerkiksi kolme kuukautta kestävästä työkokeilusta. Toisinaan tarvitaan useampi ammatillisen kuntoutuksen ohjelma. Esimerkiksi uudelleenkoulutusta voi edeltää toimeksianto ammatinvalinnanohjaukseen sekä työ- tai koulutuskokeilu. Pisimmillään kuntoutus voi siis kestää viisikin vuotta. Nimetty kuntoutuskäsittelijä Merimieseläkekassassa seuraa kuntoutuksen etenemistä koko kuntoutusprosessin ajan ja neuvoo ja ohjaa kuntoutujaa sen eri vaiheissa.

Sairauslomien osalta toimitaan, kuten sairauslomista työpaikalla on sovittu. Lyhyet, esimerkiksi flunssan aiheuttamat muutaman päivän sairauspoissaolot eivät vaikuta kuntoutusrahan maksuun eikä niitä tarvitse ilmoittaa Merimieseläkekassaan. Mikäli sairausloma jatkuu yli viikon, on niistä viivytyksettä ilmoitettava ja toimitettava Merimieseläkekassaan jäljennös sairauslomatodistuksesta. Mikäli sairausloma kestää useamman viikon, harkittavaksi tulee kuntoutusrahan keskeyttäminen tai lakkautus.

Merimieseläkekassa ottaa kuntoutujalle työtapaturman varalle vakuutuksen palkattoman työkokeilun ajaksi. Lisäksi Merimieseläkekassalla on vastuuvakuutus, josta korvataan kuntoutujan sairautensa vuoksi aiheuttamat henkilö- ja esinevahingot vakuutusehtojen mukaisesti. Vakuutuksesta ei korvata vahinkoa siltä osin kuin se korvataan työnantajan oman vastuuvakuutuksen perusteella.

Palkallisen työkokeilun ajalta vakuutusturvasta vastaa työnantaja.