Merimieseläkekassan toimintaa valvoo sosiaali- ja terveysministeriö ja finanssivalvonta.

Ylintä päätösvaltaa eläkekassassa käyttää vähintään kerran vuodessa kokoontuva 13-jäseninen valtuuskunta. Se vahvistaa tilinpäätöksen sekä valitsee tilintarkastajat. Valtuuskunnassa on edustettuina valtiovalta, varustajat sekä merenkulun työntekijäjärjestöt.

Merimieseläkekassan hallitus ratkaisee mm. työkyvyttömyyseläkeasiat, päättää varojen sijoittamisesta, antaa lausuntoja ja tekee aloitteita merimiesten eläketurvaan liittyvissä asioissa sekä huolehtii eläkekassan hallinnosta ja sen toiminnan asianmukaisesta järjestämisestä.

Hallituksen puheenjohtajana ja varapuheenjohtajana toimivat valtion edustajat sekä jäseninä varustajia edustaen Suomen Varustamojen edustajat ja työntekijäjärjestöjä edustaen Suomen Konepäällystöliiton, Suomen Laivanpäällystöliiton sekä Suomen Merimies-Unionin edustajat.